县行政区辖 9个乡镇 15个社区，其中有 2个城镇，即依兰镇、达连河镇，依兰县人民政府设置在依兰镇；另有 4个农村镇，即道台桥镇、三道岗镇、江湾镇、宏克力镇； 3个乡，即团山子乡、愚公乡和迎兰朝鲜民族乡。共 132个行政村。

2001 年 3月，按省政府部署，依兰县进行了行政区划调整。由原来 18个乡镇调整为 9个乡镇，即将原来的 7镇 11乡，调整为 6镇 3乡。撤销德裕镇，将其行政区域并入迎兰朝鲜民族乡，乡人民政府驻迎兰村；撤销红星乡、土城子乡，将红星乡的 16个村（晨光村划归依兰镇管辖）及土城子乡牡丹江西的 7个村划归达连河镇管辖，达连河镇人民政府仍置于达连河镇；撤销长岗乡，将其行政区域及土城子乡牡丹江江东的 6个村划归江湾镇，镇人民政府置于江湾村；撤销演武基乡，将其行政区域并入团山子乡，乡人民政府仍置于团山子村；撤销珠山乡，将其行政区域并入宏克力镇，镇人民政府置于宏克力村；撤销涌泉乡，将其行政区域并入愚公乡，乡人民政府置于愚公村；撤销平原乡，将其行政区域并入道台桥镇，镇人民政府置于道台桥村；撤销护林乡，将其行政区域并入三道岗镇，镇人民政府置于三道岗村。截止到 2006年，全县辖 2个城镇，即依兰镇、达连河镇，依兰县人民政府设置在依兰镇； 4个农村镇，即道台桥镇、三道岗镇、江湾镇、宏克力镇； 3个乡，即团山子乡、愚公乡和一个迎兰朝鲜民族乡。 7月末，全县实行了行政村和社区调整，将 364村调整为 132个，将 13个社区调整为 15个。